Los orígenes remotos del actual sistema universitario de Catalunya se remontan a finales del siglo XIII. En el año 1300, autorizado por una bula del papa Bonifacio VII de 1297, el rey Jaime II, otorgó el privilegio de fundación del Estudio General de Lleida mediante una disposición que prohibía establecer otros estudios generales en otras ciudades de sus reinos. Heredera de aquel Estudio General, la Universidad de Lleida ha commemorado recientemente siete siglos de historia.

La citada prohibición, defendida férreamente por el poder civil y eclesiástico de Lleida, impidió durante siglos que prosperasen los intentos de implantar nuevos estudios generales en el Principado de Catalunya, pese a los intentos reiterados por parte de los monarcas y de los consejos municipales de Barcelona y Girona. Martín el Humano fundó un estudio de Medicina en Barcelona en 1401, pero los sucesivos intentos de transformarlo en estudio general no prosperaron hasta 1539 y Alfonso el Magnánimo otorgó a Girona, en 1446, un estudio general que tampoco prosperó hasta un siglo más tarde.

Entre 1539 y 1620, se crearon estudios generales o universidades en Barcelona, Girona, Tarragona, Tortosa, Vic y Solsona que juntamente con el de Lleida, se mantuvieron en funcionamiento hasta la derrota catalana de 1714. Felipe V los suprimió todos y fundó en Cervera una única universidad para toda Catalunya, que inició sus actividades académicas el 7 de enero de 1715.

La Universidad de Barcelona fue restablecida en 1837 y en 1842 le fueron incorporadas las de Cervera y Ciudad de Mallorca. De este modo, quedó constituida como centro de una demarcación universitaria que abarcaba Catalunya y las Islas Baleares, situación que se mantendría, con el breve paréntesis de la Universidad Autónoma de 1933-39, hasta la creación, en 1968, de la nueva Universidad Autónoma de Barcelona.

Los estudios técnicos arrancan con la iniciativa, a partir del último tercio del siglo XVIII, de la Junta de Comercio de Catalunya, creada en 1758. Esta institución fue la plataforma constituida por la burguesía comercial y industrial catalana para la promoción de la actividad económica del principado y con una clara visión de futuro, creó escuelas de carácter técnico (náutica, taquigrafía, dibujo y bellas artes, idiomas, química, botánica y agricultura, mecánica, física, economía) a partir de 1769.

En 1851, las escuelas de la Junta de Comercio se integraron en la Escuela Industrial Barcelonesa, creada por real orden con el objetivo de impartir estudios industriales y mercantiles. Esta escuela y las demás escuelas técnicas que se fueron creando en Barcelona y otras ciudades (Terrassa, Vilanova i la Geltrú, Canet de Mar), a partir de la segunda mitad del siglo XIX, se agruparon en 1971 en la Universidad Politécnica de Barcelona que tomó en 1984 el nombre actual de Universidad Politécnica de Catalunya.

Pero, es a partir del traspaso de competencias en materia de universidades a la Generalitat de Catalunya, en 1985, cuando se comienza a perfilar el sistema universitario catalán actual y se extiende por todo el territorio.

En 1990, el Parlamento de Catalunya crea en Barcelona la Universidad Pompeu Fabra y al año siguiente la Universidad de Lleida, la Universidad de Girona, y la Universidad Rovira i Virgili, sucesoras de los respectivos estudios generales de Girona, Lleida y Tarragona, suprimidos en 1714.

También se creó en 1995, a iniciativa del Gobierno de la Generalitat de Catalunya la Universidad Oberta de Catalunya, una universidad no presencial que ofrece una respuesta innovadora en el campo de la educación superior mediante el uso de tecnologías multimedia e interactivas.

Además de la acción legislativa del Parlamento de Catalunya, diversas iniciativas privadas y públicas han conducido a la creación de otras universidades, que el Parlamento ha reconocido: la Universidad Ramon Llull, en 1991, la Universidad de Vic y la Universidad Internacional de Catalunya, en 1997, y la Universidad Abat Oliba CEU, en 2003.